<div dir="ltr">Dear Christian,<div><br></div><div>Thank you for your reply.  I am very interested in learning about your work with p53-MDM2.  I read the PLOS One paper the other day and really like the idea.  I am wondering, for CDK2-Cyclin A:</div><div><br></div><div><a href="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1FIN">http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1FIN</a><br></div><div><br></div><div>How big do you think the synthetic ligand needs to be to block the interaction?  </div><div><br></div><div>Kaya</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 6, 2015 at 10:05 AM, Christian Schafmeister <span dir="ltr"><<a href="mailto:chris.schaf@verizon.net" target="_blank">chris.schaf@verizon.net</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">William,<div><br></div><div>It is one of the purposes of CANDO - a Chemistry package that runs on top of Clasp to develop molecules (protein kinase inhibitors included) to bind and disrupt protein-protein interfaces.</div><div><br></div><div>CANDO (Computer Aided Nanostructure Design and Optimization) is a large collection of functions and classes that allow the programmer to build and design molecules.  It runs within Clasp.  CANDO is written in C++ and in Clasp Common Lisp.</div><div><br></div><div>Clasp is a Common Lisp compiler that uses LLVM as its backend and interoperates with C++.</div><div><br></div><div>Clasp is under active development and is available at <a href="http://github.com/drmeister/clasp" target="_blank">github.com/drmeister/clasp</a></div><div><br></div><div>CANDO is not yet available on github but will be as soon as I get it to do something useful again (build molecules).  CANDO is code that I wrote years ago and it used to be exposed to Python. Then I got fed up with Python and decided to start a little side project to develop a better language (Clasp) to support CANDO.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>.Chris.</div><div><div class="h5"><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On Jul 5, 2015, at 11:27 AM, William Erbil <<a href="mailto:wkerbil@umn.edu" target="_blank">wkerbil@umn.edu</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Dear Clasp developers,<div><br></div><div>Has anyone thought about using Clasp in the development of protein kinase inhibitors that bind at protein-protein interfaces?</div><div><br></div><div>Kaya</div></div>
</div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>